A história do Herbário ESA se inicia no começo do século XX, com a formação de pequenas coleções individuais de plantas de interesse agronômico por parte de professores da ESALQ. Em 1985, por iniciativa principalmente dos Professores Luís Eduardo Catharino, Waldir Mantovani e Luís Antônio Rochelle, ocorreu a reunião dessas coleções em um único acervo, bem como o início de uma numeração de tombo contínua, adotada até hoje, configurando o momento efetivo de implantação do Herbário ESA.
Até 1990, a curadoria do herbário foi exercida pelo Prof. Rochelle e, no período de 1991–1992, pelo Prof. Lindolpho Capellari Jr., responsáveis pela estruturação inicial da coleção. A partir do final de 1992 até 2023, a curadoria foi exercida pelo Prof. Vinicius Castro Souza. Em 2024, a curadoria foi assumida pela MSc. Viviane Jono e, a partir de novembro de 2025, pela Profa. Priscila Orlandini. Além da curadoria, o herbário conta ainda com um conselho consultivo, composto pelos professores Dr. Vinicius Castro Souza, Dra. Priscila Orlandini e Dr. Renato Augusto Ferreira de Lima, bem como com o apoio da especialista em apoio à pesquisa em museus, Viviane Jono.
Durante sua implantação e consolidação, o acervo cresceu inicialmente de forma gradual, passando a apresentar expansão significativa a partir de meados da década de 1990, especialmente em função de projetos de pesquisa desenvolvidos no Departamento de Ciências Biológicas, com destaque para os trabalhos dos Profs. Ricardo Ribeiro Rodrigues e Vinicius C. Souza. Esse crescimento também foi impulsionado por um intenso programa de permutas, inicialmente com herbários como BHCB, FUEL e MBM, e atualmente abrangendo dezenas de herbários nacionais e internacionais.
O desenvolvimento do herbário e do Laboratório de Sistemática Vegetal associado possibilitou a participação ativa em projetos de grande escala, como a “Flora Fanerogâmica do Estado de São Paulo”, na qual a ESALQ teve papel de destaque. O Herbário presta suporte a projetos de outros laboratórios, como o Laboratório de Ecologia e Restauração Florestal (LERF), como o projeto iniciado em 2002: “Dinâmica das Formações Florestais do Estado de São Paulo: 40 ha de parcelas permanentes” (FAPESP), e “Diversificação e Regionalização das Matrizes de Árvores Nativas do Estado de São Paulo” (FNMA). Atualmente, este projeto, sob condução do professor Renato Augusto Ferreira de Lima, é intitulado: “Diversidade, dinâmica e conservação em florestas do Estado de São Paulo: 40 ha de parcelas permanentes. Outro projeto de destaque que contou com o apoio do Herbário ESA foi o projeto “NewFor: understanding restored forests for benefiting people and nature in the Atlantic”, liderado pelo docente Pedro Henrique S. Brancalion.
Mais recentemente, o herbário está foi um dos herbários paulistas contemplados com o projeto temático FAPESP intitulado “Diversificação e aprimoramento dos registros das coleções de herbários paulistas, com ampliação da sua disponibilização virtual e análises espaciais, para avanço na documentação da biodiversidade Neotropical”, coordenado pelo Prof. Dr. José Rubens Pirani. Por fim, o Herbário ESA foi, em 2025, selecionado como sede para recebimento das plantas do projeto “Carbon CountDown_BR: plataforma para a tomada de decisão carbono do solo e da vegetação no Brasil”, financiado por iniciativa privada (Shell). O projeto prevê melhorias na infraestrutura do herbário, bem como sua atuação no recebimento, triagem e incorporação de milhares de amostras representativas da flora brasileira, ampliando significativamente seu papel na documentação da biodiversidade nacional.
Atualmente, o Herbário ESA conta com aproximadamente 160.000 espécimes, configurando- se como o quarto maior acervo do Estado de São Paulo. Desde 1997, foi adotado um modelo padronizado de etiquetas, o que viabilizou a informatização da coleção, iniciada em 2002. Esse processo foi consolidado, ao longo dos anos, com o uso de planilhas em Excel e, mais recentemente, com o sistema BRAHMS e com o suporte do CRIA, permitindo a disponibilização online de parte do acervo desde 2003, no âmbito do projeto speciesLink. Atualmente, cerca de 111.000 espécimes encontram-se fotografados e digitalizados, com previsão de ampliação contínua desse número por meio de novas campanhas de digitalização.
O Herbário ESA constitui infraestrutura essencial para as atividades de ensino, pesquisa e extensão do Departamento de Ciências Biológicas da ESALQ/USP. Atua intensamente como suporte às demandas de identificação de plantas provenientes de diferentes docentes e projetos da instituição, além de representar um importante repositório da flora da própria ESALQ. Nesse contexto, diversas atividades práticas das disciplinas LCB0320 (Morfologia e Sistemática Vegetal), LCB0109 (Biodiversidade Brasileira) e LCB0206 (Botânica Sistemática Florestal) são desenvolvidas no herbário, fortalecendo a integração entre ensino e coleção científica.
Destaca-se também sua relevância como centro de referência taxonômica, com pesquisas consolidadas em diversas famílias botânicas, incluindo Acanthaceae, Connaraceae, Euphorbiaceae, Ericaceae, Fabaceae, Lamiaceae, Meliaceae, Myrtaceae, Phyllanthaceae, Plantaginaceae, Poaceae e Scrophulariaceae. Além de sua atuação científica, o Herbário ESA é sede de diversos projetos e iniciativas de extensão de interação com a sociedade piracicabana. Entre estas, destaca-se um projeto voltado ao público 60+, envolvendo atividades de montagem e preparação de exsicatas, promovendo inclusão, educação científica e valorização do conhecimento botânico, liderado pela MSc. Viviane Jono. O herbário também participa ativamente de eventos de divulgação científica com a comunidade escolar e público diverso, como o FLIPIRA e o Bio na Rua, entre outras ações extensionistas.
Em 2025, foi iniciada a digitalização da palinoteca associada (ESA-Pol), que conta atualmente com cerca de 1.700 lâminas de pólen de angiospermas, ampliando o acesso e a integração de dados palinológicos à coleção.
O uso intensivo do herbário por diferentes departamentos da ESALQ, aliado à crescente visita de especialistas, reforça seu papel estratégico como infraestrutura científica, contribuindo não apenas para o Departamento de Ciências Biológicas, mas para a instituição como um todo e para o avanço do conhecimento sobre a biodiversidade brasileira.